petitRADTRANS
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petitRADTRANS 3: most notable changes
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Available opacity species
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Adding opacities
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petitRADTRANS
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__available_priors (petitRADTRANS.retrieval.parameter.RetrievalParameter attribute)
__build_cia_aliases_dict() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
__check_anisotropic_cloud_scattering() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
__check_input_data_file_existence() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
__check_line_opacity_mode() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
__check_model_parameters_relevance() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
__check_none_model_parameters() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
__check_path_input_data() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
__check_pressures() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
__check_wavelength_boundaries() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
__cloud_color (in module petitRADTRANS.plotlib.style)
__clouds_have_effect() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans method)
__copy__() (petitRADTRANS.utils.LockedDict method)
__dat_opacity_files_warning_message (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans attribute)
__deepcopy__() (petitRADTRANS.utils.LockedDict method)
__default_file_selection() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
__elemental_abundances (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
__get_base_species_mass_fractions() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
__get_cia_contributors() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
__get_line_opacity_file() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
__get_non_cia_gas_continuum_contributions() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
__get_prt2_input_data_subpaths() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
__get_species_molar_mass() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
__getattr__() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans method)
__init_clouds_particles_porosity_factor() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
__init_pipeline() (in module petitRADTRANS.retrieval.preparing)
__init_pipeline_outputs() (in module petitRADTRANS.retrieval.preparing)
__init_velocities() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
__large_figure_font_size (in module petitRADTRANS.plotlib.style)
__line_opacity_property_setting_warning_message (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans attribute)
__medium_figure_font_size (in module petitRADTRANS.plotlib.style)
__megabyte (in module petitRADTRANS.__debug)
(in module petitRADTRANS.cli.prt_cli)
__metals (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
__molar_masses (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
__other_gases_color (in module petitRADTRANS.plotlib.style)
__print_missing_data_file_message() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
__print_skipping_message() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
__property_setting_warning_message (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans attribute)
__recursive_merge_contiguous_isotopes() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
__remove_files() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
__retrieval_parameters_interface() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
__set_sum_opacities() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans method)
__setitem__() (petitRADTRANS.utils.LockedDict method)
__small_figure_font_size (in module petitRADTRANS.plotlib.style)
__species_color (in module petitRADTRANS.plotlib.style)
__sysrem_iteration_orders_a() (in module petitRADTRANS.retrieval.preparing)
__sysrem_iteration_orders_c() (in module petitRADTRANS.retrieval.preparing)
__tiny_figure_font_size (in module petitRADTRANS.plotlib.style)
__version__ (in module petitRADTRANS)
_build_python_files_hierarchy() (in module petitRADTRANS.__setup_meson_build)
_calculate_flux() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans method)
_calculate_opacities() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans method)
_calculate_transit_radii() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans method)
_check_data_model_rules() (in module petitRADTRANS.ccf.ccf)
_check_errors() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
_check_spectrum_wavelengths_rules() (in module petitRADTRANS.ccf.ccf)
_chemical_table_dat2h5() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
_clean_input_data_mac_junk_files() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
_combine_ck_opacities() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_combine_opacities() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_compute_cia_opacities() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_compute_ck_flux() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_compute_cloud_log_normal_particles_distribution_opacities() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_compute_cloud_opacities() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_compute_feautrier_radiative_transfer() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_compute_gravity() (in module petitRADTRANS.retrieval.models)
_compute_h_minus_bound_free_xsec() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_compute_h_minus_free_free_xsec() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_compute_h_minus_opacities() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_compute_metallicity_wrap() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
_compute_non_cia_gas_induced_continuum_opacities() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_compute_optical_depths() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_compute_optical_depths_with_photospheric_cloud() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_compute_optical_depths_wrapper() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_compute_planet_star_centers_distance() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
_compute_power_law_opacities() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_compute_radius_hydrostatic_equilibrium() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_compute_rayleigh_scattering_opacities() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_compute_relative_velocities_wrap() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
_compute_rosseland_opacities() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_compute_species_optical_depths() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_compute_transit_fractional_light_loss_uniform() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
_compute_transit_radii() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_compute_transmission_spectrum_contribution() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_config_file (petitRADTRANS.config.configuration.PetitradtransConfigParser attribute)
_continuum_cia_dat2h5() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
_continuum_clouds_opacities_dat2h5() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
_convert_nasa_exoplanet_archive() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
_convolve_constant() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
_convolve_running() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
_convolve_wrap() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
_corner_wrap() (in module petitRADTRANS.plotlib.plotlib)
_correlated_k_opacities_dat2h5() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
_correlated_k_opacities_dat2h5_external_species() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
_data_are_valid() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
_default_config (petitRADTRANS.config.configuration.PetitradtransConfigParser attribute)
_directory (petitRADTRANS.config.configuration.PetitradtransConfigParser attribute)
_error_check_model_function() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
_explained_error() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
_get_base_cia_names() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
_get_base_cloud_names() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
_get_base_correlated_k_names() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
_get_base_line_by_line_names() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
_get_default_rebinning_wavelength_range() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
_get_directories_dict() (in module petitRADTRANS.__setup_meson_build)
_get_input_file() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
_get_input_file_from_keeper() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
_get_model_functions_map() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
_get_parameter_range() (in module petitRADTRANS.plotlib.plotlib)
_get_prt2_cia_names() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
_get_prt2_cloud_names() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
_get_prt2_correlated_k_names() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
_get_prt2_line_by_line_names() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
_get_spectral_information() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
_get_spectral_parameters() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
_has_isotope() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
_init_cia_loaded_opacities() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_init_frequency_grid() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans method)
_init_frequency_grid_from_frequency_grid() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_init_frequency_grid_from_lines() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans method)
_instance (petitRADTRANS.config.configuration.PetitradtransConfigParser attribute)
_interpolate_cia() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_interpolate_species_opacities() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
_line_by_line_opacities_dat2h5() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
_make() (petitRADTRANS.config.configuration.PetitradtransConfigParser class method)
_merge_contiguous_isotopes() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
_path2keeper_url() (in module petitRADTRANS.cli.prt_cli)
_phoenix_spec_dat2h5() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
_plot_defaults() (petitRADTRANS.retrieval.retrieval_config.RetrievalConfig method)
(petitRADTRANS.retrieval.RetrievalConfig method)
_prepare_multiple_retrievals_plot() (in module petitRADTRANS.plotlib.plotlib)
_rebin_opacities() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
_rebin_wrap() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
_rebuild_isotope_numbers() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
_refactor_input_data_folder() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
_reporthook() (in module petitRADTRANS.cli.prt_cli)
_reporthook_sys_output() (in module petitRADTRANS.cli.prt_cli)
_run_ultranest() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
_select_best_in_column() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
_setup_pres() (petitRADTRANS.retrieval.retrieval_config.RetrievalConfig method)
(petitRADTRANS.retrieval.RetrievalConfig method)
_sort_pressure_temperature_grid() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
_split_species_charge() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
_split_species_cloud_info() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
_split_species_source() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
_split_species_spectral_info() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
A
a_b_range() (in module petitRADTRANS.retrieval.utils)
add_cloud_species() (petitRADTRANS.retrieval.retrieval_config.RetrievalConfig method)
(petitRADTRANS.retrieval.RetrievalConfig method)
add_data() (petitRADTRANS.retrieval.retrieval_config.RetrievalConfig method)
(petitRADTRANS.retrieval.RetrievalConfig method)
add_line_species() (petitRADTRANS.retrieval.retrieval_config.RetrievalConfig method)
(petitRADTRANS.retrieval.RetrievalConfig method)
add_parameter() (petitRADTRANS.retrieval.retrieval_config.RetrievalConfig method)
(petitRADTRANS.retrieval.RetrievalConfig method)
add_photometry() (petitRADTRANS.retrieval.retrieval_config.RetrievalConfig method)
(petitRADTRANS.retrieval.RetrievalConfig method)
amu (in module petitRADTRANS.physical_constants)
anisotropic_cloud_scattering (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans property)
atm (in module petitRADTRANS.physical_constants)
au (in module petitRADTRANS.physical_constants)
B
b_range() (in module petitRADTRANS.retrieval.utils)
bar (in module petitRADTRANS.physical_constants)
bayes_factor2sigma() (in module petitRADTRANS.math)
bias_pipeline_metric() (in module petitRADTRANS.retrieval.preparing)
bin_species_exok() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
bjd_utc2bjd_tdb() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
box_car_conv() (in module petitRADTRANS.math)
build_and_lock() (petitRADTRANS.utils.LockedDict class method)
build_param_dict() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
C
c (in module petitRADTRANS.physical_constants)
calculate_airmass() (petitRADTRANS.planet.Planet method)
calculate_barycentric_velocities() (petitRADTRANS.planet.Planet method)
calculate_chi2() (in module petitRADTRANS.math)
calculate_co_added_ccf_snr() (in module petitRADTRANS.ccf.ccf)
calculate_emission_spectrum() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
calculate_equilibrium_temperature() (petitRADTRANS.planet.Planet method)
calculate_flux() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans method)
calculate_full_transit_duration() (petitRADTRANS.planet.Planet method)
calculate_impact_parameter() (petitRADTRANS.planet.Planet method)
calculate_intrinsic_temperature() (petitRADTRANS.planet.Planet method)
calculate_intrinsic_temperature_inflated() (petitRADTRANS.planet.Planet method)
calculate_mid_transit_time() (petitRADTRANS.planet.Planet method)
calculate_optimal_wavelength_boundaries() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
calculate_orbital_longitudes() (petitRADTRANS.planet.Planet method)
calculate_orbital_phases() (petitRADTRANS.planet.Planet method)
calculate_orbital_velocity() (petitRADTRANS.planet.Planet method)
calculate_photosphere_radius() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans method)
calculate_radial_velocity() (petitRADTRANS.planet.Planet method)
calculate_radial_velocity_semi_amplitude() (petitRADTRANS.planet.Planet method)
calculate_reduced_chi2() (in module petitRADTRANS.math)
calculate_rosseland_planck_opacities() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans method)
calculate_spectral_parameters() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
calculate_spectrum() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
calculate_transit_radii() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans method)
calculate_transmission_spectrum() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
calculate_uncertainty() (in module petitRADTRANS.math)
call_etc() (in module petitRADTRANS.cli.eso_etc_cli)
ccf_analysis() (in module petitRADTRANS.ccf.ccf)
check_all_close() (in module petitRADTRANS.utils)
check_opacity_name() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
cias_loaded_opacities (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans property)
class2hdf5() (in module petitRADTRANS.utils)
class_init_args2class_args() (in module petitRADTRANS.utils)
class_init_args2dict() (in module petitRADTRANS.utils)
cloud_dict() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
cloud_species (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans property)
clouds_loaded_opacities (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans property)
co_add_cross_correlation() (in module petitRADTRANS.ccf.ccf_core)
collapse() (in module petitRADTRANS.cli.eso_etc_cli)
comm (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
(in module petitRADTRANS.retrieval.retrieval)
(in module petitRADTRANS.retrieval.retrieval_config)
,
[1]
compute_airmass() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
compute_barycentric_velocities() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
compute_bins_edges() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
compute_bins_resolving_power() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_cloud_f_sed() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_cloud_hansen_a() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_cloud_hansen_b() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_cloud_particle_radius_distribution_std() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_cloud_particles_mean_radii() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_cloud_photosphere_median_optical_depth() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_clouds_particles_porosity_factor() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_dist() (in module petitRADTRANS.physics)
compute_eddy_diffusion_coefficients() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_effective_temperature() (in module petitRADTRANS.physics)
compute_emissivities() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_equilibrium_mass_fractions() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_equilibrium_temperature() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
compute_full_transit_duration() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
compute_gray_opacity() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_haze_factor() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_impact_parameter() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
compute_intrinsic_temperature() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
compute_intrinsic_temperature_inflated() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
compute_mass_fractions() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_mean_molar_masses() (in module petitRADTRANS.chemistry.utils)
(petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_mid_transit_time_from_source() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
compute_opaque_cloud_top_pressure() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_optimal_wavelength_boundaries() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_orbit_semi_major_axis() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_orbital_longitudes() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
(petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_orbital_phases() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
compute_orbital_velocity() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
compute_planet_radius() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_power_law_opacity_350nm() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_power_law_opacity_coefficient() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_pressure_hydrostatic_equilibrium() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
compute_radial_velocities() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_radial_velocity() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
compute_radial_velocity_semi_amplitude() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
(petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_reference_pressure() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_reflectances() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_relative_velocities() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_scaled_metallicity() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_spectral_parameters() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_spectrum() (petitRADTRANS.stellar_spectra.phoenix.PhoenixStarTable method)
compute_star_effective_temperature() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_star_flux() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_star_irradiation_angle() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_star_radius() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_star_spectrum() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
compute_stellar_intensities() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_temperatures() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_transit_fractional_light_loss() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
compute_velocity_range() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
config_file (petitRADTRANS.config.configuration.PetitradtransConfigParser property)
continuum_clouds_opacities_dat2h5() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
continuum_clouds_opacities_dat2h5_external_species() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
contour_corner() (in module petitRADTRANS.plotlib)
(in module petitRADTRANS.plotlib.plotlib)
convert_all() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
convolve() (petitRADTRANS.retrieval.data.Data static method)
(petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
cross_correlate() (in module petitRADTRANS.ccf.ccf_core)
cross_correlate_data_model() (in module petitRADTRANS.ccf.ccf)
cross_correlate_matrices() (in module petitRADTRANS.ccf.ccf_core)
cubic_spline_profile() (in module petitRADTRANS.physics)
D
Data (class in petitRADTRANS.retrieval.data)
dataset2obj() (in module petitRADTRANS.utils)
default_config (petitRADTRANS.config.configuration.PetitradtransConfigParser property)
delta_prior() (in module petitRADTRANS.retrieval.utils)
dict2hdf5() (in module petitRADTRANS.utils)
directory (petitRADTRANS.config.configuration.PetitradtransConfigParser property)
dll_directories (in module petitRADTRANS)
doppler_shift() (in module petitRADTRANS.physics)
download_from_nasa_exoplanet_archive() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
download_input_data() (in module petitRADTRANS.cli.prt_cli)
download_planet_from_nasa_exoplanet_archive() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
download_snr_data() (in module petitRADTRANS.cli.eso_etc_cli)
dtdp_temperature_profile() (in module petitRADTRANS.physics)
E
e (in module petitRADTRANS.physical_constants)
e_molar_mass (in module petitRADTRANS.physical_constants)
emission_angle_grid (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans property)
emission_model_diseq() (in module petitRADTRANS.retrieval.models)
emission_model_diseq_patchy_clouds() (in module petitRADTRANS.retrieval.models)
emission_model_diseq_simple_patchy_clouds() (in module petitRADTRANS.retrieval.models)
F
fair_share() (in module petitRADTRANS.slurm_runs.utils)
feature_scaling() (in module petitRADTRANS.math)
fill_atmospheric_layer() (in module petitRADTRANS.chemistry.utils)
fill_object() (in module petitRADTRANS.utils)
find_optimal_airmass_day() (in module petitRADTRANS.cli.eso_skycalc_cli)
fits_output() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
fixed_length_amr() (in module petitRADTRANS.chemistry.utils)
flatten_object() (in module petitRADTRANS.utils)
flux2irradiance() (in module petitRADTRANS.physics)
flux_cm2flux_hz() (in module petitRADTRANS.physics)
flux_hz2flux_cm() (in module petitRADTRANS.physics)
flux_units (in module petitRADTRANS.plotlib)
(in module petitRADTRANS.plotlib.style)
format2petitradtrans() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
frequencies (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans property)
frequency_bins_edges (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans property)
from_data() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval class method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval class method)
from_dict() (petitRADTRANS.retrieval.parameter.RetrievalParameter class method)
from_retrieval() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel class method)
from_tab_file() (petitRADTRANS.planet.Planet class method)
from_votable() (petitRADTRANS.planet.Planet class method)
from_votable_file() (petitRADTRANS.planet.Planet class method)
G
G (in module petitRADTRANS.physical_constants)
gas_continuum_contributors (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans property)
gaussian_prior() (in module petitRADTRANS.retrieval.utils)
gaussian_weights1d() (in module petitRADTRANS.math)
gaussian_weights_running() (in module petitRADTRANS.math)
generate_filename() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
generate_retrieval_summary() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
get() (petitRADTRANS.planet.Planet class method)
get_abundances() (in module petitRADTRANS.chemistry.core)
get_airmass() (in module petitRADTRANS.cli.eso_skycalc_cli)
get_analyzer() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
get_astropy_coordinates() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
get_base_figure_name() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
get_best_fit_chi2() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
get_best_fit_likelihood() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval static method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval static method)
get_best_fit_model() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
get_bhans() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
get_ccf_model_wavelengths() (in module petitRADTRANS.ccf.ccf)
get_ccf_models() (in module petitRADTRANS.ccf.ccf)
get_ccf_velocity_space() (in module petitRADTRANS.ccf.ccf)
get_chi2() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
get_chi2_normalisation() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
get_chisq() (petitRADTRANS.retrieval.data.Data method)
get_cia_aliases() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
get_cloud_aliases() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
get_co_added_ccf_peak_properties() (in module petitRADTRANS.ccf.ccf)
get_co_added_ccf_velocity_space() (in module petitRADTRANS.ccf.ccf)
get_data() (in module petitRADTRANS.cli.eso_etc_cli)
get_data_model() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
get_default_cloud_resolution() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
get_default_correlated_k_resolution() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
get_default_directory() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
get_default_file() (petitRADTRANS.chemistry.pre_calculated_chemistry.PreCalculatedEquilibriumChemistryTable static method)
(petitRADTRANS.stellar_spectra.phoenix.PhoenixStarTable static method)
get_default_line_by_line_resolution() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
get_default_parameters() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
get_easychem_abundances() (in module petitRADTRANS.chemistry.prt_easychem)
get_elpd_per_datapoint() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
get_etc_url() (in module petitRADTRANS.cli.eso_etc_cli)
get_evidence() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
get_exoatmos_abundances (in module petitRADTRANS.chemistry.core)
get_exoatmos_abundances() (in module petitRADTRANS.chemistry.prt_easychem)
get_filename() (petitRADTRANS.planet.Planet method)
get_flattened_value() (petitRADTRANS.retrieval.parameter.Parameter method)
get_from() (petitRADTRANS.planet.Planet class method)
get_fseds() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
get_full_range_model() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
get_input_data_file_not_found_error_message() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
get_input_data_path() (petitRADTRANS.config.configuration.PetitradtransConfigParser method)
get_input_data_subpath() (petitRADTRANS.config.configuration.PetitradtransConfigParser method)
get_input_data_subpaths() (in module petitRADTRANS.config.configuration)
get_input_file() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
get_keeper_files_url_paths() (in module petitRADTRANS.cli.prt_cli)
get_line_separator() (in module petitRADTRANS.slurm_runs.sbatch)
get_log_likelihood() (petitRADTRANS.retrieval.data.Data method)
get_log_likelihood_per_datapoint() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
get_mass_fractions() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
get_max_likelihood_params() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
get_median_params() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
get_model_functions() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
get_model_parameters() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
get_molmass_name() (in module petitRADTRANS.chemistry.prt_molmass)
get_opacity_directory() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
get_opacity_filename() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
get_opacity_input_file() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
get_optimal_airmass_curve() (in module petitRADTRANS.cli.eso_skycalc_cli)
get_param_uniform() (petitRADTRANS.retrieval.parameter.Parameter method)
get_pymultinest_sample_dict() (in module petitRADTRANS.retrieval.utils)
get_reduced_chi2() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
get_reduced_chi2_from_model() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
get_resolving_power_from_string() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
get_resolving_power_string() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
get_samples() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
get_snr_data_file_name() (in module petitRADTRANS.cli.eso_etc_cli)
get_species_basename() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
get_species_color() (in module petitRADTRANS.plotlib)
(in module petitRADTRANS.plotlib.style)
get_species_isotopologue_name() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
get_species_molar_mass() (in module petitRADTRANS.chemistry.prt_molmass)
get_telluric_data() (in module petitRADTRANS.cli.eso_skycalc_cli)
get_telluric_transmittances() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
get_tellurics_npz() (in module petitRADTRANS.cli.eso_skycalc_cli)
get_true_parameters() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
get_volume_mixing_ratios() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
gpdfitnew() (in module petitRADTRANS.retrieval.psis)
gpinv() (in module petitRADTRANS.retrieval.psis)
gradient_profile_emission() (in module petitRADTRANS.retrieval.models)
guillot_emission() (in module petitRADTRANS.retrieval.models)
guillot_patchy_emission() (in module petitRADTRANS.retrieval.models)
guillot_patchy_transmission() (in module petitRADTRANS.retrieval.models)
guillot_patchy_transmission_constrained_chem() (in module petitRADTRANS.retrieval.models)
guillot_transmission() (in module petitRADTRANS.retrieval.models)
H
h (in module petitRADTRANS.physical_constants)
hdf52dict() (in module petitRADTRANS.utils)
hz2um() (in module petitRADTRANS.physics)
I
init_data() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
init_default() (petitRADTRANS.config.configuration.PetitradtransConfigParser class method)
init_meson_build() (in module petitRADTRANS.__setup_meson_build)
init_retrieval() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
initialize_pressure() (in module petitRADTRANS.retrieval.models)
interpolate_mass_fractions() (petitRADTRANS.chemistry.pre_calculated_chemistry.PreCalculatedEquilibriumChemistryTable method)
interpolated_profile_emission() (in module petitRADTRANS.retrieval.models)
inverse_gamma_prior() (in module petitRADTRANS.retrieval.utils)
isothermal_transmission() (in module petitRADTRANS.retrieval.models)
J
join_species_all_info() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
K
kB (in module petitRADTRANS.physical_constants)
L
L0 (in module petitRADTRANS.physical_constants)
l_sun (in module petitRADTRANS.physical_constants)
light_year (in module petitRADTRANS.physical_constants)
line_b_uncertainty_scaling() (petitRADTRANS.retrieval.data.Data method)
line_by_line_opacities_dat2h5() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
line_by_line_opacity_sampling (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans property)
line_opacity_mode (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans property)
line_species (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans property)
linear_spline_profile() (in module petitRADTRANS.physics)
lines_loaded_opacities (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans property)
list_available_cia_species() (petitRADTRANS.retrieval.retrieval_config.RetrievalConfig static method)
(petitRADTRANS.retrieval.RetrievalConfig static method)
list_available_cloud_species() (petitRADTRANS.retrieval.retrieval_config.RetrievalConfig static method)
(petitRADTRANS.retrieval.RetrievalConfig static method)
list_available_line_species() (petitRADTRANS.retrieval.retrieval_config.RetrievalConfig static method)
(petitRADTRANS.retrieval.RetrievalConfig static method)
load() (petitRADTRANS.chemistry.pre_calculated_chemistry.PreCalculatedEquilibriumChemistryTable method)
(petitRADTRANS.config.configuration.PetitradtransConfigParser method)
(petitRADTRANS.planet.Planet class method)
(petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel class method)
(petitRADTRANS.stellar_spectra.phoenix.PhoenixStarTable method)
load_all_opacities() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans method)
load_cia_opacities() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans method)
load_cloud_opacities() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans method)
load_csv() (in module petitRADTRANS.utils)
load_dace() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
load_dat() (in module petitRADTRANS.slurm_runs.utils)
load_exocross() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
load_hdf5_ktables() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
load_hdf5_line_opacity_table() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
load_jwst() (petitRADTRANS.retrieval.data.Data method)
load_line_opacities() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans method)
load_line_opacities_pressure_temperature_grid() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
loadfits() (petitRADTRANS.retrieval.data.Data method)
loadtxt() (petitRADTRANS.retrieval.data.Data method)
lock() (petitRADTRANS.utils.LockedDict method)
LockedDict (class in petitRADTRANS.utils)
log_gaussian_prior() (in module petitRADTRANS.retrieval.utils)
log_likelihood() (petitRADTRANS.retrieval.data.Data static method)
(petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
log_prior() (in module petitRADTRANS.retrieval.utils)
longitude2phase() (in module petitRADTRANS.math)
M
m_earth (in module petitRADTRANS.physical_constants)
m_elec (in module petitRADTRANS.physical_constants)
m_jup (in module petitRADTRANS.physical_constants)
m_sun (in module petitRADTRANS.physical_constants)
madhu_seager_2009() (in module petitRADTRANS.physics)
madhu_seager_patchy_transmission() (in module petitRADTRANS.retrieval.models)
make_press_temp() (in module petitRADTRANS.physics)
make_press_temp_iso() (in module petitRADTRANS.physics)
make_srun_script_from_template() (in module petitRADTRANS.slurm_runs.sbatch)
malloc_peak_snapshot() (in module petitRADTRANS.__debug)
malloc_top_lines_snapshot() (in module petitRADTRANS.__debug)
mass2reference_gravity() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
(petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
mass_fractions2volume_mixing_ratios() (in module petitRADTRANS.chemistry.utils)
mean_uncertainty() (in module petitRADTRANS.math)
median_uncertainties() (in module petitRADTRANS.math)
modify_spectrum() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
module
petitRADTRANS
petitRADTRANS.__debug
petitRADTRANS.__file_conversion
petitRADTRANS.__setup_meson_build
petitRADTRANS._input_data_loader
petitRADTRANS.ccf
petitRADTRANS.ccf.ccf
petitRADTRANS.ccf.ccf_core
petitRADTRANS.chemistry
petitRADTRANS.chemistry.clouds
petitRADTRANS.chemistry.core
petitRADTRANS.chemistry.pre_calculated_chemistry
petitRADTRANS.chemistry.prt_easychem
petitRADTRANS.chemistry.prt_molmass
petitRADTRANS.chemistry.utils
petitRADTRANS.cli
petitRADTRANS.cli.eso_etc_cli
petitRADTRANS.cli.eso_skycalc_cli
petitRADTRANS.cli.prt_cli
petitRADTRANS.config
petitRADTRANS.config.configuration
petitRADTRANS.math
petitRADTRANS.physical_constants
petitRADTRANS.physics
petitRADTRANS.planet
petitRADTRANS.plotlib
petitRADTRANS.plotlib.plotlib
petitRADTRANS.plotlib.style
petitRADTRANS.radtrans
petitRADTRANS.retrieval
petitRADTRANS.retrieval.data
petitRADTRANS.retrieval.models
petitRADTRANS.retrieval.parameter
petitRADTRANS.retrieval.preparing
petitRADTRANS.retrieval.psis
petitRADTRANS.retrieval.retrieval
petitRADTRANS.retrieval.retrieval_config
petitRADTRANS.retrieval.utils
petitRADTRANS.slurm_runs
petitRADTRANS.slurm_runs.sbatch
petitRADTRANS.slurm_runs.utils
petitRADTRANS.spectral_model
petitRADTRANS.stellar_spectra
petitRADTRANS.stellar_spectra.phoenix
petitRADTRANS.utils
module_dir (in module petitRADTRANS.cli.eso_etc_cli)
N
nA (in module petitRADTRANS.physical_constants)
nice_corner() (in module petitRADTRANS.plotlib.plotlib)
normalize() (in module petitRADTRANS.math)
O
output() (in module petitRADTRANS.cli.eso_etc_cli)
P
Parameter (class in petitRADTRANS.retrieval.parameter)
path_input_data (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans property)
pc (in module petitRADTRANS.physical_constants)
petitRADTRANS
module
petitRADTRANS.__debug
module
petitRADTRANS.__file_conversion
module
petitRADTRANS.__setup_meson_build
module
petitRADTRANS._input_data_loader
module
petitRADTRANS.ccf
module
petitRADTRANS.ccf.ccf
module
petitRADTRANS.ccf.ccf_core
module
petitRADTRANS.chemistry
module
petitRADTRANS.chemistry.clouds
module
petitRADTRANS.chemistry.core
module
petitRADTRANS.chemistry.pre_calculated_chemistry
module
petitRADTRANS.chemistry.prt_easychem
module
petitRADTRANS.chemistry.prt_molmass
module
petitRADTRANS.chemistry.utils
module
petitRADTRANS.cli
module
petitRADTRANS.cli.eso_etc_cli
module
petitRADTRANS.cli.eso_skycalc_cli
module
petitRADTRANS.cli.prt_cli
module
petitRADTRANS.config
module
petitRADTRANS.config.configuration
module
petitRADTRANS.math
module
petitRADTRANS.physical_constants
module
petitRADTRANS.physics
module
petitRADTRANS.planet
module
petitRADTRANS.plotlib
module
petitRADTRANS.plotlib.plotlib
module
petitRADTRANS.plotlib.style
module
petitRADTRANS.radtrans
module
petitRADTRANS.retrieval
module
petitRADTRANS.retrieval.data
module
petitRADTRANS.retrieval.models
module
petitRADTRANS.retrieval.parameter
module
petitRADTRANS.retrieval.preparing
module
petitRADTRANS.retrieval.psis
module
petitRADTRANS.retrieval.retrieval
module
petitRADTRANS.retrieval.retrieval_config
module
petitRADTRANS.retrieval.utils
module
petitRADTRANS.slurm_runs
module
petitRADTRANS.slurm_runs.sbatch
module
petitRADTRANS.slurm_runs.utils
module
petitRADTRANS.spectral_model
module
petitRADTRANS.stellar_spectra
module
petitRADTRANS.stellar_spectra.phoenix
module
petitRADTRANS.utils
module
petitradtrans_config_parser (in module petitRADTRANS.config)
(in module petitRADTRANS.config.configuration)
PetitradtransConfigParser (class in petitRADTRANS.config.configuration)
PGLOBAL (in module petitRADTRANS.retrieval.models)
pglobal_check() (in module petitRADTRANS.retrieval.models)
phase2longitude() (in module petitRADTRANS.math)
phoenix_star_table (in module petitRADTRANS.stellar_spectra.phoenix)
PhoenixStarTable (class in petitRADTRANS.stellar_spectra.phoenix)
planck_function_cm() (in module petitRADTRANS.physics)
planck_function_hz() (in module petitRADTRANS.physics)
planck_function_hz_temperature_derivative() (in module petitRADTRANS.physics)
Planet (class in petitRADTRANS.planet)
plot_abundances() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
plot_all() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
plot_cloud_condensation_curves() (in module petitRADTRANS.plotlib)
(in module petitRADTRANS.plotlib.plotlib)
plot_contribution() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
plot_corner() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
plot_data() (in module petitRADTRANS.plotlib)
(in module petitRADTRANS.plotlib.plotlib)
(petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
plot_multiple_posteriors() (in module petitRADTRANS.plotlib)
(in module petitRADTRANS.plotlib.plotlib)
plot_planet_context() (in module petitRADTRANS.plotlib.plotlib)
plot_posterior() (in module petitRADTRANS.plotlib)
(in module petitRADTRANS.plotlib.plotlib)
plot_pt() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
plot_radtrans_opacities() (in module petitRADTRANS.plotlib)
(in module petitRADTRANS.plotlib.plotlib)
plot_result_corner() (in module petitRADTRANS.plotlib)
(in module petitRADTRANS.plotlib.plotlib)
plot_sampled() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
plot_spectra() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
polyfit() (in module petitRADTRANS.retrieval.preparing)
power_load() (petitRADTRANS.config.configuration.PetitradtransConfigParser method)
power_set() (petitRADTRANS.config.configuration.PetitradtransConfigParser method)
power_update() (petitRADTRANS.config.configuration.PetitradtransConfigParser method)
pre_calculated_equilibrium_chemistry_table (in module petitRADTRANS.chemistry.pre_calculated_chemistry)
PreCalculatedEquilibriumChemistryTable (class in petitRADTRANS.chemistry.pre_calculated_chemistry)
prepare_spectrum() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
preparing_pipeline() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
pressures (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans property)
prior() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
prior_ultranest() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
prt_resolving_space() (in module petitRADTRANS.math)
psisloo() (in module petitRADTRANS.retrieval.psis)
psislw() (in module petitRADTRANS.retrieval.psis)
put_into_dict() (petitRADTRANS.retrieval.parameter.RetrievalParameter method)
R
R (in module petitRADTRANS.physical_constants)
r_earth (in module petitRADTRANS.physical_constants)
r_jup (in module petitRADTRANS.physical_constants)
r_jup_mean (in module petitRADTRANS.physical_constants)
r_sun (in module petitRADTRANS.physical_constants)
Radtrans (class in petitRADTRANS.radtrans)
rank (in module petitRADTRANS.retrieval.retrieval_config)
rayleigh_species (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans property)
rebin_ck_line_opacities() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
rebin_multiple_ck_line_opacities() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
rebin_spectrum() (in module petitRADTRANS.physics)
(petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
rebin_star_spectrum() (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans static method)
reference_gravity2mass() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
(petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
reference_gravity2radius() (petitRADTRANS.planet.Planet static method)
remove_mask() (in module petitRADTRANS.utils)
(petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
remove_noisy_wavelength_channels() (in module petitRADTRANS.retrieval.preparing)
remove_species_lines() (petitRADTRANS.retrieval.retrieval_config.RetrievalConfig method)
(petitRADTRANS.retrieval.RetrievalConfig method)
remove_telluric_lines_fit() (in module petitRADTRANS.retrieval.preparing)
remove_telluric_lines_mean() (in module petitRADTRANS.retrieval.preparing)
remove_throughput_fit() (in module petitRADTRANS.retrieval.preparing)
remove_throughput_mean() (in module petitRADTRANS.retrieval.preparing)
repair() (petitRADTRANS.config.configuration.PetitradtransConfigParser method)
request_file (in module petitRADTRANS.cli.eso_etc_cli)
request_file_base_dict (in module petitRADTRANS.cli.eso_etc_cli)
resolving_power_str (petitRADTRANS.retrieval.data.Data attribute)
resolving_space() (in module petitRADTRANS.math)
Retrieval (class in petitRADTRANS.retrieval)
(class in petitRADTRANS.retrieval.retrieval)
retrieval_model_generating_function() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
RetrievalConfig (class in petitRADTRANS.retrieval)
(class in petitRADTRANS.retrieval.retrieval_config)
RetrievalParameter (class in petitRADTRANS.retrieval.parameter)
return_cloud_mass_fraction() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_t_cond_fe() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_t_cond_fe_comb() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_t_cond_fe_comb_free() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_t_cond_fe_free() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_t_cond_fe_l() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_t_cond_fe_l_free() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_t_cond_kcl() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_t_cond_kcl_free() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_t_cond_mg2sio4() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_t_cond_mg2sio4_free() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_t_cond_mgsio3() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_t_cond_mgsio3_free() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_t_cond_na2s() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_t_cond_na2s_free() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_x_fe() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_x_kcl() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_x_mg2sio4() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_x_mgfesio4() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_x_mgsio3() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
return_x_na2s() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
run() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
run_retrieval() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
running_mean() (in module petitRADTRANS.math)
S
s_earth (in module petitRADTRANS.physical_constants)
sample_teff() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
save() (petitRADTRANS.config.configuration.PetitradtransConfigParser method)
(petitRADTRANS.planet.Planet method)
(petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
save_best_fit_outputs() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
save_best_fit_outputs_external_variability() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
save_mass_fractions() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
save_parameters() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
save_volume_mixing_ratios() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
savez_compressed_record() (in module petitRADTRANS.utils)
scale_spectrum() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
scale_to_distance() (petitRADTRANS.retrieval.data.Data method)
scattering_in_emission (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans property)
set_continuum_opacities() (petitRADTRANS.retrieval.retrieval_config.RetrievalConfig method)
(petitRADTRANS.retrieval.RetrievalConfig method)
set_default_file() (petitRADTRANS.config.configuration.PetitradtransConfigParser method)
set_distance() (petitRADTRANS.retrieval.data.Data method)
set_input_data_path() (petitRADTRANS.config.configuration.PetitradtransConfigParser method)
set_line_species() (petitRADTRANS.retrieval.retrieval_config.RetrievalConfig method)
(petitRADTRANS.retrieval.RetrievalConfig method)
set_param() (petitRADTRANS.retrieval.parameter.Parameter method)
set_petitradtrans_plot_style() (in module petitRADTRANS.plotlib)
(in module petitRADTRANS.plotlib.style)
set_pglobal() (in module petitRADTRANS.retrieval.models)
set_rayleigh_species() (petitRADTRANS.retrieval.retrieval_config.RetrievalConfig method)
(petitRADTRANS.retrieval.RetrievalConfig method)
setup_clouds() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
setup_data() (petitRADTRANS.retrieval.Retrieval method)
(petitRADTRANS.retrieval.retrieval.Retrieval method)
setup_exoatmos() (in module petitRADTRANS.chemistry.prt_easychem)
shift_wavelengths() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel static method)
sigma (in module petitRADTRANS.physical_constants)
sigma2bayes_factor() (in module petitRADTRANS.math)
simple_cdf() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
simple_cdf_fe() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
simple_cdf_fe_free() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
simple_cdf_free() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
simple_cdf_kcl() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
simple_cdf_kcl_free() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
simple_cdf_mg2sio4() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
simple_cdf_mg2sio4_free() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
simple_cdf_mgsio3() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
simple_cdf_mgsio3_free() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
simple_cdf_na2s() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
simple_cdf_na2s_free() (in module petitRADTRANS.chemistry.clouds)
simplify_species_list() (in module petitRADTRANS.chemistry.utils)
SpectralModel (class in petitRADTRANS.spectral_model)
split_input_data_path() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
split_species_all_info() (in module petitRADTRANS._input_data_loader)
SQRT2 (in module petitRADTRANS.retrieval.utils)
sumlogs() (in module petitRADTRANS.retrieval.psis)
sysrem() (in module petitRADTRANS.retrieval.preparing)
T
temperature_curvature_prior() (in module petitRADTRANS.physics)
temperature_profile_function_guillot() (in module petitRADTRANS.physics)
temperature_profile_function_guillot_dayside() (in module petitRADTRANS.physics)
temperature_profile_function_guillot_global() (in module petitRADTRANS.physics)
temperature_profile_function_guillot_global_ret() (in module petitRADTRANS.physics)
temperature_profile_function_guillot_metallic() (in module petitRADTRANS.physics)
temperature_profile_function_guillot_modif() (in module petitRADTRANS.physics)
temperature_profile_function_isothermal() (in module petitRADTRANS.physics)
temperature_profile_function_ret_model() (in module petitRADTRANS.physics)
topological_sort() (in module petitRADTRANS.utils)
trim_spectrum() (in module petitRADTRANS.retrieval.preparing)
U
uniform_prior() (in module petitRADTRANS.retrieval.utils)
unlock() (petitRADTRANS.utils.LockedDict method)
update() (petitRADTRANS.utils.LockedDict method)
update_atom_abundances() (in module petitRADTRANS.chemistry.prt_easychem)
update_bins() (petitRADTRANS.retrieval.data.Data method)
update_figure_font_size() (in module petitRADTRANS.plotlib)
(in module petitRADTRANS.plotlib.style)
update_model_functions_map() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
update_spectral_calculation_parameters() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel method)
user_input() (in module petitRADTRANS.utils)
V
volume_mixing_ratios2mass_fractions() (in module petitRADTRANS.chemistry.utils)
W
wavelength_boundaries (petitRADTRANS.radtrans.Radtrans property)
wavelength_units (in module petitRADTRANS.plotlib)
(in module petitRADTRANS.plotlib.style)
wavenumber_units (in module petitRADTRANS.plotlib)
(in module petitRADTRANS.plotlib.style)
with_velocity_range() (petitRADTRANS.spectral_model.SpectralModel class method)
write_correlated_k() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
write_line_by_line() (in module petitRADTRANS.__file_conversion)
write_request_file() (in module petitRADTRANS.cli.eso_etc_cli)
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